鷺森別院是淨土真宗本願寺派的一個分支，第八代上人蓮如移居紀伊國麗水浦（現在的海南市）時，本願寺的教義急劇擴展。此後，基地遷至黑江和禦坊山，其起源為賽賀禦坊，於1563年遷至現址。該地區是賽賀僧人的中心，一直受到信仰深厚的人們的崇敬。