神功皇后が三韓よりご帰国の折、瀬戸内海で嵐に遭われます。船が沈みそうになると、神様に祈りを捧げられます。すると、神様がお告げされます。 「船の帆を覆う苫を海に投げ、その流れに任せて船を漕ぎ進めよ。」 皇后は神様のお告げに従い、苫を海に投げ入れ、流れに沿って船を進めます。すると、ひとつの島にたどり着かれます。この島が友ヶ島です。島には、少彦名命と大己貴命が祀られており、皇后は助けていただいたお礼に、手持ちの宝物をお供えになります。 その後、皇后のお孫にあたる仁徳天皇が友ヶ島で狩りをされます。皇后が島で嵐に遭われた経緯をお聞きになります。そこで、島が不自由だろうと考え、神社を対岸の加太に移してご社殿を建立されます。これが、加太淡嶋神社の起源とされています。